L'ANCB intervient comme outil de coopération, de concertation et d’animation au service des stratégies environnementales définies par les collectivités de Nouvelle-Calédonie et par l’Etat.
L'Agence a pour mission d’étudier, de comprendre, de conserver, de protéger, de restaurer, de valoriser et de faire connaître les espaces naturels terrestres et marins de la Nouvelle-Calédonie, afin d'en assurer une gestion intégrée et durable.
Il intervient sur le thème de la conservation de la forêt sèche, sur celui de la coordination de la gestion du bien inscrit au patrimoine mondial, et sur la coordination de la lutte contre les espèces envahissantes.
Jusqu'à fin 2022, la structure était dénommé le Conservatoire d'Espaces Naturels (CEN) de Nouvelle-Calédonie.